Аппарат Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Главное управления налоговыми рисками
• Главное управление по работе с административными жалобами
• Главное управление налоговой проверки
• Главное управление налоговой политики
• Главное управление цифрового налогового администрирования
• Главное управление международного налогообложения и налогового мониторинга
• Главное управление контроля деклараций и камеральных налоговых проверок
• Главное управление экономического анализа и контроля реализации прогнозов
• Главное управление права
• Главное управление внутренней безопасности
• Главное управление человеческих ресурсов
• Главное управление по оказанию услуг налогоплательщикам
• Главное управление финансов
• Главное управление документооборота и контроля исполнительской дисциплины (Секретариат)
• Главное управление координации деятельности местных структур
• Главное управление регистрации и учета налогоплательщиков
• Главное управление контроля за исполнением налоговых обязательств
• Главное управление службы налогового омбудсмена
• Управление медии и коммуникаций
• Отдел финансового мониторинга
• Отдел управления проектами
• Секретный отдел
• Отдел информационной безопасности
• Протокольный отдел

Учреждения, входящие в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Главное управление организации оперативного налогового контроля и учета города Баку
• Главное управление национальных доходов
• Главное управление локальных доходов города Баку
• Главное управление по контролю за импортно-экспортными операциями
• Главное управление по контролю за оборотом акцизных и маркируемых товаров
• Главное управление по предварительному расследованию налоговых преступлений
• Главное Управление по управлению обязательствами
• Территориальные налоговые главные управления и управления

Подчиненное учреждение, не входящее в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Учебный центр