Аппарат Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Главное управление по документации и рассмотрению заявлений и обращений (Секретариат)
• Главное управление налоговой политики
• Главное управление внутренней безопасности
• Главное управление налогового аудита
• Главное управление по экономическому анализу и контролю над учетом
• Главное управление по контролю за налоговыми декларациями и камеральным проверкам
• Главное управление по государственной регистрации
• Главное юридическое управление
• Главное управление по обслуживанию налогоплательщиков
• Главное управление по международному налогообложению и налоговому мониторингу
• Главное управление по административным жалобам
• Главное управление по контролю за исполнением налоговых обязательств
• Главное управление по координации деятельности территориальных структур
• Главное управление человеческими ресурсами
• Главное финансовое управление
• Главное управление цифрового налогового администрирования
• Управление медиа и коммуникаций
• Секретный отдел
• Отделение экспертизы и экономического анализа
• Отделение протокола

Учреждения, входящие в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Главное управление по работе с субъектами малого предпринимательства г. Баку
• Главное управление национальных доходов
• Главное управление локальных доходов г. Баку
• Главное управление по контролю за импортно-экспортными операциями
• Главное управление по контролю за оборотом акцизных и маркируемых товаров
• Главное управление по предварительному расследованию налоговых преступлений
• Главное Управление по управлению обязательствами
• Территориальные налоговые главные управления и управления
• Районные налоговые управления

Подчиненное учреждение, не входящее в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

• Учебный центр