Управление Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

Главное управление по управлению налоговыми рисками
Главное управление по работе с административными жалобами
Главное управление налогового аудита
Главное управление налоговой политики
Главное управление цифрового налогового администрирования
Главное управление международного налогообложения и налогового мониторинга
Главное управление контроля деклараций и палатных налоговых проверок
Главное управление экономического анализа и контроля реализации прогнозов
Юридический главное управление
Главное управление внутренней безопасности
Главное управление по отделу кадров
Главное управление по обслуживанию налогоплательщиков
Финансовый главный отдел
Главное управление документооборота и контроля исполнительской дисциплины (Секретариат). 
Главное управление координации деятельности местных учреждений
Главное управление регистрации и учета налогоплательщиков
Главное управление контроля за исполнением налоговых обязательств
Главное управление службы налогового омбудсмена
Управление медии и коммуникаций
Отдел финансового мониторинга
Отдел управления проектами
Секретный отдел
Отдел информационной безопасности
Протокольный отдел

Учреждения, входящие в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:

Главное управление местных доходов города Баку
Главное управление организации оперативного налогового контроля и учета города Баку
Главное управление предварительного расследования налоговых преступлений
Главное управление национальных доходов
Главное управление контроля импортно-экспортных операций
Главное управление по управлению налоговыми обязательствами
Главное управление по контролю за обращением акцизных и маркированных товаров
Региональная налоговая служба №2
Территориальная налоговая инспекция №3
Региональная налоговая инспекция №4
Территориальная налоговая инспекция №5
Региональная налоговая служба №6
Районная налоговая инспекция № 8
Территориальная налоговая инспекция №9
10 Территориальная налоговая инспекция
11 Главное территориальное управление налогов
12 Главное территориальное управление налогов
13 Территориальная налоговая инспекция
14 Территориальная налоговая инспекция
Карабахское территориальное главное управление налогов
Восточно-Зангезурская территориальная налоговая инспекция

Подведомственное учреждение при Министерстве экономики, не входящее в структуру Государственной налоговой службы:

Учебный центр