Аппарат Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:
- Главное управление по документации и рассмотрению заявлений и обращений (Секретариат)
- Главное управление налоговой политики
- Главное управление внутренней безопасности
- Главное управление налогового аудита
- Главное управление по экономическому анализу и контролю над учетом
- Главное управление по контролю за налоговыми декларациями и камеральным проверкам
- Главное управление по государственной регистрации
- Главное юридическое управление
- Главное управление по обслуживанию налогоплательщиков
- Главное управление по международному налогообложению и налоговому мониторингу
- Главное управление по административным жалобам
- Главное управление по контролю за исполнением налоговых обязательств
- Главное управление по координации деятельности территориальных структур
- Главное управление человеческими ресурсами
- Главное финансовое управление
- Главное управление цифрового налогового администрирования
- Управление медиа и коммуникаций
- Секретный отдел
- Отделение экспертизы и экономического анализа
- Отделение протокола
Учреждения, входящие в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:
- Главное управление по работе с субъектами малого предпринимательства г. Баку
- Главное управление национальных доходов
- Главное управление локальных доходов г. Баку
- Главное управление по контролю за импортно-экспортными операциями
- Главное управление по контролю за оборотом акцизных и маркируемых товаров
- Главное управление по предварительному расследованию налоговых преступлений
- Главное Управление по управлению обязательствами
- Территориальные налоговые главные управления и управления
- Районные налоговые управления
Подчиненное учреждение, не входящее в структуру Государственной налоговой службы при Министерстве экономики:
- Учебный центр