İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin Aparatı:

• Vergi risklərinin idarə edilməsi baş idarəsi
• İnzibati şikayətlərə baxılması baş idarəsi
• Vergi auditi baş idarəsi
• Vergi siyasəti baş idarəsi
• Rəqəmsal vergi inzibatçılığı baş idarəsi
• Beynəlxalq vergitutma və vergi monitorinqi baş idarəsi
• Bəyannamələr və kameral vergi yoxlamalarına nəzarət baş idarəsi
• İqtisadi təhlil və proqnozların icrasına nəzarət baş idarəsi
• Hüquq baş idarəsi
• Daxili təhlükəsizlik baş idarəsi
• İnsan resursları baş idarəsi
• Vergi ödəyicilərinə xidmət baş idarəsi
• Maliyyə baş idarəsi
• Sənədlərlə iş və icra intizamına nəzarət (Katiblik) baş idarəsi 
• Yerli qurumların fəaliyyətinin əlaqələndirilməsi baş idarəsi
• Vergi ödəyicilərinin qeydiyyatı və uçotu baş idarəsi
• Vergi öhdəliklərinin icrasına nəzarət baş idarəsi
• Vergi ombudsmanı xidməti baş idarəsi
• Media və kommunikasiya idarəsi
• Maliyyə monitorinqi şöbəsi
• Layihələrin idarə olunması şöbəsi
• Məxfi şöbə
• İnformasiya təhlükəsizliyi şöbəsi
• Protokol şöbəsi
   

İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin strukturuna daxil olan qurumlar:

• Bakı şəhəri Lokal Gəlirlər Baş İdarəsi
• Bakı şəhəri Operativ Vergi Nəzarəti və Uçotun Təşkili Baş İdarəsi
• Vergi Cinayətlərinin İbtidai Araşdırılması Baş İdarəsi
• Milli Gəlirlər Baş İdarəsi
• İdxal-İxrac Əməliyyatları üzrə Nəzarət Baş İdarəsi
• Öhdəliklərin İdarə Edilməsi Baş İdarəsi
• Aksizli və Markalanmalı Malların Dövriyyəsinə Nəzarət Baş İdarəsi
• 2 saylı Ərazi Vergilər Baş İdarəsi
• 3 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 4 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 5 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 6 saylı Ərazi Vergilər Baş İdarəsi
• 8 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 9 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 10 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 11 saylı Ərazi Vergilər Baş İdarəsi
• 12 saylı Ərazi Vergilər Baş İdarəsi
• 13 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• 14 saylı Ərazi Vergilər İdarəsi
• Qarabağ Ərazi Vergilər Baş İdarəsi
• Şərqi Zəngəzur Ərazi Vergilər İdarəsi

İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin strukturuna daxil olmayan tabeliyindəki qurum:

• Tədris Mərkəzi