İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin Aparatı:

• Vergi siyasəti baş idarəsi
• İqtisadi təhlil və uçota nəzarət baş idarəsi
• Vergi auditi baş idarəsi
• Bəyannamələr və kameral vergi yoxlamalarına nəzarət baş idarəsi
• Vergi öhdəliklərinin icrasına nəzarət baş idarəsi
• Beynəlxalq vergitutma və vergi monitorinqi baş idarəsi
• İnzibati şikayətlərə baxılması baş idarəsi
• Yerli qurumların fəaliyyətinin əlaqələndirilməsi baş idarəsi
• Daxili təhlükəsizlik baş idarəsi
• Sənədlərlə iş və icra intizamına nəzarət (Katiblik) baş idarəsi 
• Hüquq baş idarəsi
• Dövlət qeydiyyatı baş idarəsi
• Vergi ödəyicilərinə xidmət baş idarəsi
• Rəqəmsal vergi inzibatçılığı baş idarəsi
• İnsan resursları baş idarəsi
• Maliyyə baş idarəsi
• Media və kommunikasiya idarəsi
• Məxfi şöbə
• Layihələrin idarə olunması şöbəsi
• Protokol bölməsi
• İnformasiya təhlükəsizliyi şöbəsi

İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin strukturuna daxil olan qurumlar:

• Vergi Cinayətlərinin İbtidai Araşdırılması Baş İdarəsi
• Milli Gəlirlər Baş İdarəsi
• Bakı şəhəri Lokal Gəlirlər Baş İdarəsi
• Bakı şəhəri Kiçik Sahibkarlıqla İş üzrə Baş İdarəsi
• İdxal-İxrac Əməliyyatları üzrə Nəzarət Baş İdarəsi
• Aksizli və Markalanmalı Malların Dövriyyəsinə Nəzarət Baş İdarəsi
• Öhdəliklərin İdarə Edilməsi Baş İdarəsi
• Ərazi vergilər baş idarələri və idarələri
• Rayon vergilər şöbələri

İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin strukturuna daxil olmayan tabeliyindəki qurum:

• Tədris Mərkəzi